Math Gardens is een puzzel- en renovatiegame met getallen. Een stadsmeisje genaamd Emily heeft de hulp van de speler nodig bij het schoonmaken en renoveren van een dak om een stadstuin te creëren. De speler voert elke renovatie uit nadat hij genoeg sterren heeft verdiend door wiskundige vergelijkingen op te lossen.
Tijdens het wiskundespel krijgt de speler twee of meer overlappende wiskundige vergelijkingen in een lay-out die lijkt op de kolommen en rijen in een kruiswoordpuzzel. Het spel toont genummerde tegels onder het vergelijkingsgebied. De speler moet deze tegels op de juiste plaats leggen om de vergelijkingen te voltooien. Nadat ze een level hebben voltooid, ontvangen ze een ster.
Math Gardens laat de speler uiteindelijk een bloempotknop linksonder in het stadsscherm selecteren en een renovatieservice met één of meer sterren kopen. Vervolgens voert het spel automatisch renovatiewerkzaamheden uit, zoals het opruimen van puin en stilstaand water van het dak, het planten van wijnranken en ander groen en bloemen, en het aanleggen van een tuinpad.
Als de speler vast komt te zitten tijdens het oplossen van vergelijkingen, kan hij edelstenen die hij aan het einde van elk level wint, gebruiken om te betalen voor handige hulpmiddelen. De vergrootglas-toets onthult een enkel getal. De bullseye-knop onthult een hele vergelijking.
Elke dag vraagt het spel de speler ook om verschillende doelen te bereiken, zoals te zien is als de speler een gouden zegelknop in de vorm van een bloem boven de bloempot selecteert. Als ze alle doelen voor een dag hebben voltooid, ontvangen ze een beloning in de vorm van een schatkist.
De speler kan ook maandelijkse missies uitvoeren. Ze selecteren een checklist-knop in de linkerbovenhoek en spelen dan dagelijks wiskundevergelijkingen om een maandelijkse beloning te verdienen.
